Die Mikrofiltration ist eine sehr feine Filtrierung. Alle Partikel (sogar größere Kolloide) über 0,03 µm - also auch Bakterien und große Viren - werden zurückgehalten und mit dem Abwasserstrom abgeführt. Im Gegensatz zur Umkehrosmosetechnik (10-25% ohne Stabilisierung) liegt die Ausbeute der Mikrofiltration bei über 95%. Das "Abwasser" wird normalerweise wieder zurück in das Aquarium geführt, aus dem das zu filtrierende Wasser stammt. Es gibt also kein Verlustwasser.
Die für diese Anlage verwendeten Wickelmodule können nicht rückgespült werden, deshalb sollte sie grundsätzlich im Cross-Flow-Verfahren betrieben werden, d.h. mit dem Filtrat wird gleichzeitig Abwasser produziert, dass die zurückgehaltenen Stoffe entfernt - ganz ähnlich wie bei der Umkehrosmosetechnik, nur mit wesentlich höherer Ausbeute.