Das Zulaufwasser vom Aquarium wird mittels Bypass der Hauptpumpe oder einer zusätzlichen kleinen Förderpumpe in das System gepumpt. Die Kreislaufpumpe lässt das Wasser innerhalb des Reaktors zirkulieren.
Das CO2-Gas ereicht den Reaktor an der Saugseite der Pumpe. Durch das Pumpenrad werden die großen Kohlendioxidblasen zerschlagen, um eine bessere Lösegeschwindigkeit zu realisieren. Das gelöste CO2 wird teilweise zu Kohlensäure umgewandelt - der pH-Wert sinkt. Das nun saure Wasser kann das kalkhaltige Material auflösen und erzeugt Magnesium-Ionen (mit Kalkmaterial: Calcium-Ionen) und Karbonathärte. Nicht gelöstes Kohlendioxid wird erneut angesaugt und dem Kreislauf zugeführt.
Das auslaufende Wasser wird zurück in das Aquarium gefördert und ist angereichert mit Gelöstkalk.
Wird der Reaktor nur stundeweise betrieben (Schaltuhrenbetrieb), wird der Magnesiumreaktor automatisch entlüftet.